Az array CGH vizsgálat nagyfelbontású genetikai térképezést tesz lehetővé meddőségi, IVF-kivizsgálások esetében és habituális vetélések genetikai okának tisztázásában is. Mindezek mellett alkalmas nem tisztázott genetikai hátterű mentális fejlődési rendellenességek, illetőleg egyéb veleszületett rendellenességek kivizsgálására is, ahol a hagyományos kariotipizálásnál nagyobb érzékenységre van szükség.